12 Eylül 1980’de İ.E.T.T’den ayrılınca özel sektörde çalışmaya başladı ve bir müddet özel sektörde çalıştıktan sonra, 1982 yılında askere gitti. Yedek subay eğitimini Tuzla’da yapan Erdoğan, Karargâh subayı olarak askerliğini tamamladı. Askerden döndükten sonra yine aynı şirkette yaklaşık birbuçuk sene çalıştı. Bir sonraki çalışma hayatına başka bir şirkette genel müdür olarak devam etti.

12 Eylül 1980 ihtilalinden sonra 1983 yılında kurulan Refah Partisi ile siyasi hayatı tekrar başlamış oldu. 1984 yılında Beyoğlu İlçe Başkanı, 1985 yılında da İl Başkanı ve M.K.Y.K üyesi seçildi. 1986 ara seçimlerinde milletvekili adayı oldu. Ardından 1989 yılında da Beyoğlu ilçesinden belediye başkan adayı oldu ve 1989 seçimlerinden Refah Partisi 2. parti olarak çıktı. 1991 yılında tekrar milletvekili adayı oldu ve parti barajı geçince milletvekili oldu. Tercihli oy sistemi nedeniyle yüksek seçim kurulu milletvekilliğini iptal etti. 27 Mart 1994 seçimlerine kadar İstanbul İl Başkanlığı görevini sürdüren Erdoğan, İstanbul Büyükşehir Belediye Başkan adayı oldu ve 27 Mart 1994 seçimlerinde İstanbul Büyükşehir Başkanı seçildi. 

12 Aralık 1997 yılında davet üzerine gittiği Siirt’te, miting sırasında okuduğu bir şiir nedeniyle Diyarbakır DGM’de yargılanmaya başlandı. Yargılama sonucu Türk Ceza Kanunu’nun 312/2 maddesinden “Halkı din ve ırk farkı gözeterek kin ve düşmanlığa açıkça tahrik etmek” suçunu işlediği gerekçesiyle dört ay hapis cezasına çarptırıldı bu cezasını 24 Temmuz 1999 günü tamamladı.

Fazilet Partisi'nin, Anayasa Mahkemesi tarafından temelli kapatılmasının ardından, bağımsız kalan milletvekilleri, yeni parti kurma çalışmalarını "gelenekçiler" ve "yenilikçiler" olarak adlandırılan iki kanattan sürdürdü. "Gelenekçi" olarak adlandırılan kanat, Recai Kutan'ın genel başkanlığında 20 Temmuz 2001'de Saadet Partisi'ni kurarken, "yenilikçi" kanat da, Tayyip Erdoğan liderliğinde 14 Ağustos 2001'de, Adalet ve Kalkınma Partisi'ni kurdu ve Tayyip Erdoğan, parti genel başkanlığına seçildi. Kurulan Adalet ve Kalkınma Partisi (AKP), 3 Kasım 2002 seçimlerinde oyların büyük bir çoğunlunu alarak tek başına iktidar oldu. 3 Kasım seçimlerinde adaylığı kabul edilmeyen Erdoğan yenilenen Siirt seçimlerinde milletvekili olarak Meclis'e girdi ve Abdullah Gül'ün Başbakanlığı'ndaki 58. hükümetin istifasını sunması üzerine 59. Hükümeti kurarak Türkiye Cumhuriyeti Başbakanı oldu.

22 Temmuz 2007 tarihinde yapılan 23. Dönem Milletvekili Seçimlerinde partisi %46,6 oy alarak 341 milletvekili çıkardı.